L'histoire d'Undertale prend place dans l'Underground (« souterrain »), une partie du monde où les monstres, vivant autrefois en paix avec les humains, furent bannis après une guerre entre les deux races. Cette zone est séparée de la surface par une barrière magique imparfaite, le seul moyen d'y entrer se trouvant au mont Ebott. Un enfant humain tombe dans l'Underground et rencontre Flowey, une fleur dotée d'une conscience apprenant les mécaniques de jeu et encourageant l'humain à augmenter son « LV », ou « LOVE », en gagnant de « l'EXP » en tuant des monstres. Lorsque Flowey tente de tuer l'humain pour lui dérober son âme, celui-ci est secouru par Toriel, un monstre bipède femelle ressemblant à une chèvre, qui le prend sous sa protection et lui apprend à résoudre les puzzles et terminer les combats de manière pacifique. Elle prévoit initialement d'adopter l'humain afin de le protéger d'Asgore Dreemurr, le roi du souterrain.